Apple menambahkan fitur baru di iOS 9.3 untuk perangkat Anda termasuk fitur Night Shift Mode yang hanya bisa digunakan pada perangkat tertentu saja, aplikasi Notes yang bisa dikunci dengan password dan touch id, peningkatan kinerja pada aplikasi Kesehatan, pembaruan pada aplikasi CarPlay. Namun, untuk iOS 9.3.1 tidak menambahkan fitur baru hanya fokus untuk memperbaiki bug yang dianggap menganggu. Namun, keuda versi iOS 9.3 atau 9.3.1 belum memberikan kebebasan bagi pengguna untuk menyesuaikan perangkat mereka seperti yang mereka inginkan. Itu menjadi sebab anda harus menggunakan alat jailbreak yang kompatibel dengan iOS terbaru di perangkat.
Saat ini apakah pengguna dapat mendownload Cydia di iOS 9.3 / 9.3.1 dan menjalankannya di iPhone, iPad dan iPod Touch? jawaban yang tepat saat ini adalah tidak, Anda tidak memungkinkan menginstall Cydia di iOS 9.3, 9.3.1 dan juga iOS 9.2, 9.2.1 yang berjalan iPhone, iPad atau iPod saat ini. Karena, alat jailbreak tidak tersedia untuk semua yang firmware tersebut.
Karena iOS 9.3.1 hanya update minor dan fokus pada perbaikan bug kecil yang terdapat pada iOS 9.3. dari segi aspek keamanan kedua versi iOS ini memiliki kernel build yang sama, tidak ditemukan perbedaan antara keduanya. Itu berarti, jika nantinya alat jailbreak untuk iOS 9.3 dirilis, dipastikan juga akan kompatibel dengan iOS 9.3.1.
Seoranga hacker asal Italia, yaitu Luca Todesco telah berhasil menjailbreak versi beta dari iOS 9.3 di yang berjalan di iPhone. melalui sebuah video demonstrasi yang dipost melalui youtube. Namun, perlu anda ketahui jika sang hacker tidak merilis alat jailbreak miliknya untuk publik. melaui informasi tersebut, kita bisa menyimpulkan, jika peluang untuk iOS 9.3 jailbreak terbuka lebar. selain itu Luca juga telah menjailbreak iOS 9.2 & 9.2.1 juga.
Tim jailbreak terkenal seperti Pangu atau Taig tidak merilis alat jailbreak apapun untuk iOS 9.2 - 9.3.1. Namun, terdapat begitu banyak alat jailbreak palsu beredar di internet. sebaiknya jangan pernah mendownload dan menggunakan alat palsu di iPhone, iPad dan iPod Anda. karena seperti yang kita ketahui jika anda tidak dapat menginstal Cydia tanpa alat jailbreak asli.
Belum bisa dipastikan kapan tool jailbreak untuk iOS versi terbaru akan rilis untuk publik, sebab Luca Todesco yang berhasil melakukan jailbreak di iOS 9,3-9,2 tidak merilis tool jailbreak miliknya, untuk Umum. Pangu & Taig sedang bekerja keras untuk menemukan solusi yang terbaik. Khususnya, tim Pangu yang lebih aktif. Pangu telah merilis jailbreak untuk iOS 9.1 pada tanggal 11 Maret, tapi sepertinya waktu itu sudah terlambat karena telah banyak pengguna yang sudah upgrade perangkat mereka ke iOS 9.2 atau iOS 9.2.1.
Versi beta dari iOS 9.3 telah diuji sejak pada bulan Januari, kemudian akhirnya dirilis pada tanggal 21 Maret bersamaan dengan peluncuran iPhone SE dan iPad Pro 9.7, Namun, versi tersebut memiliki beberapa masalah serius, sehingga tidak lama sejak waktu peluncuran ditarik kembali, akan tetapi Apple merilis kembali versi terbaru yang telah diperbaiki, kuhusunya untuk perangkat versi lawas.